Convert Codon Frequency Vector to Tidy Data Frame
Examples
freqs <- calculate_codon_frequencies("ATGATGATG")
codon_frequency_df(freqs)
#> codon frequency aa
#> 1 AAA 0 K
#> 2 CAA 0 Q
#> 3 GAA 0 E
#> 4 TAA 0 *
#> 5 ACA 0 T
#> 6 CCA 0 P
#> 7 GCA 0 A
#> 8 TCA 0 S
#> 9 AGA 0 R
#> 10 CGA 0 R
#> 11 GGA 0 G
#> 12 TGA 0 *
#> 13 ATA 0 I
#> 14 CTA 0 L
#> 15 GTA 0 V
#> 16 TTA 0 L
#> 17 AAC 0 N
#> 18 CAC 0 H
#> 19 GAC 0 D
#> 20 TAC 0 Y
#> 21 ACC 0 T
#> 22 CCC 0 P
#> 23 GCC 0 A
#> 24 TCC 0 S
#> 25 AGC 0 S
#> 26 CGC 0 R
#> 27 GGC 0 G
#> 28 TGC 0 C
#> 29 ATC 0 I
#> 30 CTC 0 L
#> 31 GTC 0 V
#> 32 TTC 0 F
#> 33 AAG 0 K
#> 34 CAG 0 Q
#> 35 GAG 0 E
#> 36 TAG 0 *
#> 37 ACG 0 T
#> 38 CCG 0 P
#> 39 GCG 0 A
#> 40 TCG 0 S
#> 41 AGG 0 R
#> 42 CGG 0 R
#> 43 GGG 0 G
#> 44 TGG 0 W
#> 45 ATG 1 M
#> 46 CTG 0 L
#> 47 GTG 0 V
#> 48 TTG 0 L
#> 49 AAT 0 N
#> 50 CAT 0 H
#> 51 GAT 0 D
#> 52 TAT 0 Y
#> 53 ACT 0 T
#> 54 CCT 0 P
#> 55 GCT 0 A
#> 56 TCT 0 S
#> 57 AGT 0 S
#> 58 CGT 0 R
#> 59 GGT 0 G
#> 60 TGT 0 C
#> 61 ATT 0 I
#> 62 CTT 0 L
#> 63 GTT 0 V
#> 64 TTT 0 F